Ocena stanu mięśni i kości ma niepodważalne znaczenie w ocenie zaburzeń aparatu ruchu. Badanie ultrasonograficzne odgrywa tu istotną rolę, choć struktury te zasadniczo różnią się dostępnością dla tej metody. Wynika to z innych własności fizycznych, związanych z wysyceniem tkanki kostnej solami mineralnymi. Skutkiem jest zupełnie inna zdolność pochłaniania wiązki ultradźwięków w porównaniu z tkanką miękką, jaką są mięśnie. W przypadku tkanki mięśniowej możliwa jest głęboka jej penetracja, natomiast kość w obrazie USG widoczna jest jedynie w swej części powierzchniowej oraz we fragmentach niewysyconych solami wapnia. Może to mieć miejsce w różnych stanach patologicznych.

Ogólne zasady techniki badania mięśni oraz kości nie odbiegają od standardowych procedur oceny narządów. Niekiedy wskazana jest depilacja, natomiast na ogół nie ma konieczności premedykacji zwierzęcia. W pewnych sytuacjach jednak premedykacja zwierząt niespokojnych lub z bolesnością w badanej okolicy może ułatwić wykonanie badania dynamicznego. W niektórych przypadkach zastosowanie nakładki dystansującej również może ułatwiać badanie, szczególnie struktur płytko położonych. Nie jest to jednak konieczne, a zazwyczaj wiąże się z koniecznością depilacji. Szczególnie ważne jest, by przystępując do badania ultrasonograficznego aparatu ruchu, dobrze znać anatomię badanych okolic i sprawnie poruszać się w tym dość skomplikowanym obszarze. W określaniu prawidłowych stosunków anatomicznych zwykle łatwiej znajdowana struktura jest wskazówką do znalezienia innej, na przykład grzebień łopatki ułatwia ocenę mięśnia pod- i nadgrzebieniowego. Jak zawsze w przypadku badania aparatu ruchu, pomocna może być ocena porównawcza okolicy drugostronnej, co pozwala wyeliminować ewentualne odmiany anatomiczne niebędące typową zmianą chorobową.