Okolica gardła i krtani jest obszarem dość trudnym do badania ultrasonograficznego. Znajduje się tu wiele drobnych struktur, takich jak węzły chłonne, ślinianki, naczynia, nerwy, w tym pień błędno-współczulny, a także początkowe odcinki przewodu pokarmowego wypełnione gazem oraz struktury kostne utrudniające badanie.

Najczęstsze wskazania do badania tego rejonu u psów i kotów dotyczą tarczycy, ślinianek, węzłów chłonnych, przełyku, jak również tkanek miękkich międzynarządowych, rzadziej struktur ucha wewnętrznego i przewodu słuchowego. Mogą tu występować zmiany zapalne, zarówno ograniczone do konkretnych narządów, szczególnie tarczycy i ślinianek, jak i obejmujące otaczające tkanki miękkie, często związane z penetracją ciał obcych z początkowych odcinków przewodu pokarmowego. Może dochodzić do formowania zmian zapalnych w postaci ogniskowej (na przykład ropnie) lub rozprzestrzenionej – jako zapalenie tkanek miękkich. Mogą tu także powstawać aseptyczne torbiele ślinianek, nowotwory tarczycy lub węzłów chłonnych w postaci przerzutowej z okolicznych tkanek albo w przebiegu chłoniaka, choć spotyka się również nowotwory samej krtani bądź gardła.

Ultrasonograficzna ocena tchawicy i krtani oraz gardła jest jednym z trudniejszych wyzwań z uwagi na zawartość gazu ograniczającego penetrację wiązki. Dodatkowym czynnikiem utrudniającym badanie jest możliwy fizjologiczny ruch badanych struktur. Dotyczy to szczególnie krtani, w obrębie której chrząstki okolicy wpustowej podlegają fizjologicznym ruchom związanym z akcją oddechową, a jest to istotny aspekt badania. W czasie oceny ultrasonograficznej, oprócz wyglądu gardła i krtani, ważna jest prawidłowość wykonywanych fizjologicznie ruchów.

Technika badania tej okolicy nie odbiega od standardowego podejścia, poza brakiem konieczności niepobierania pokarmów przed badaniem. Jeśli jednak ocenie ma podlegać przełyk, zalecenie to musi być przestrzegane, także z uwagi na konieczność jednoczesnej oceny żołądka. Ponadto z uwagi na gęste owłosienie tej okolicy konieczna może okazać się depilacja. Kłopot z pełnym unieruchomieniem głowy zwierzęcia oraz konieczność zachowania fizjologicznego ułożenia może wymagać od badającego większej cierpliwości. Zastosowanie mają głowice o wyższej częstotliwości, często do zmian leżących bardziej powierzchownie stosuje się głowice liniowe. Badanie można wykonywać w fizjologicznej pozycji stojącej, w przekrojach poprzecznych i podłużnych, choć w badaniu krtani szczególne znaczenie mają te pierwsze.