Przewlekłe biegunki stanowią jeden z powszechnie spotykanych problemów w praktyce weterynaryjnej psów i kotów. Jednym z powodów zaburzeń formowania kału mogą być zmiany w mikrobiocie jelitowej. W ciągu ostatnich lat uzyskano sporą ilość informacji dotyczących struktury mikrobiomu jelitowego i jego zmian w przebiegu chorób oraz tych wynikających ze zmian w diecie albo stosowania leków. Jesteśmy w stanie określić dysbiozę (zaburzenia w liczbie i jakości wskaźnikowych mikroorganizmów) i wyrazić ją ilościowo w postaci indeksu dysbiozy. Nadal jednak zastosowanie praktyczne tego parametru jest mocno ograniczone, ponieważ nie do końca wiadomo, czy dysbioza jest skutkiem, czy przyczyną chorób i kiedy normalizacja mikrobiomu jest skutecznym leczeniem. W sytuacjach, kiedy standardowe metody diagnostyczno-lecznicze zawodzą, mamy jednak nowe narzędzie diagnostyczno-monitorujące, które może pomóc w postępowaniu z pacjentami z przewlekłą biegunką.

Wstęp

Jednym z kluczowych czynników potrzebnych, by przewód pokarmowy psów i kotów funkcjonował prawidłowo, jest równowaga mikroflory (mikrobiomu). Mimo że w ciągu ostatnich kilku dekad w badaniach nad mikrobiomem jelitowym psów i kotów dokonano znacznego postępu, nasza wiedza na temat szczegółów tej równowagi wydaje się nadal dosyć powierzchowna. Historycznie już wiemy, że posiewy mikrobiologiczne mają limitowaną możliwość oceny złożonego i różnorodnego mikrobiomu jelitowego (1). Dopiero dzięki pracom Carla Woese (2) zapoczątkowano wykorzystanie genu 16S rRNA w analizie filogenetycznej bakterii. Określono istnienie czterech typów jednostek taksonomicznych w jelicie psów: Firmicutes, Fusobacteria, Bacteroidetes i Proteobacteria (1). Ponadto pokazano, że Clostridiales dominują w dwunastnicy i jelicie czczym, a także są bardzo liczne w jelicie krętym i okrężnicy.

Sekwencje związane z klastrem Fusobacteriales i Bacteroidales są najliczniejszym rzędem bakterii w jelicie krętym i okrężnicy. Enterobakterie są obserwowane częściej w jelicie cienkim niż w okrężnicy, a pałeczki kwasu mlekowego występują powszechnie we wszystkich częściach jelita. Podobna analiza mikrobiomu jelitowego kotów pozwoliła na identyfikację pięciu różnych typów bakterii, z sekwencjami sklasyfikowanymi głównie w typie Firmicutes, Proteobacteria, Bacteroidetes, Fusobacteria i Actinobacteria. Większość klonów należała do rzędu Clostri­diales, a następnie Bacteroidales, Campylobacterales i Fusobacteriales (3). Dzięki określeniu parametrów mikrobiomu u zdrowych zwierząt otworzyły się możliwości oceny struktury i parametrów mikrobiomu u zwierząt chorych. Na podstawie tych badań możemy obecnie określić, co to znaczy prawidłowy mikrobiom jelitowy, i w odniesieniu do niego mierzyć jego odchylenia, czyli m.in. dysbiozę.